MacKerell, Alexander D.: шукати на сайті Z-Library

Рік:

2000

Мова:

english

Файл:

PDF, 300 KB

english, 2000

CHARMM36m: an improved force field for folded and intrinsically disordered proteins

Huang, Jing, Rauscher, Sarah, Nawrocki, Grzegorz, Ran, Ting, Feig, Michael, de Groot, Bert L, Grubmüller, Helmut, MacKerell, Alexander D

Журнал:

Nature Methods

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 450 KB

english, 2016

Drude Polarizable Force Field for Molecular Dynamics Simulations of Saturated and Unsaturated Zwitterionic Lipids

Li, Hui, Chowdhary, Janamejaya, Huang, Lei, He, Xibing, MacKerell, Alexander D., Roux, Benoît

Журнал:

Alexander D. MacKerell Jr., Nilesh Banavali, Nicolas Foloppe

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.86 MB

english, 2017

Development and current status of the CHARMM force field for nucleic acids

Журнал:

Biopolymers

Рік:

2000

Мова:

english

Файл:

PDF, 90 KB

english, 2000

A simple polarizable model of water based on classical Drude oscillators

Lamoureux, Guillaume, MacKerell, Alexander D., Roux, Benoı̂t

Журнал:

The Journal of Chemical Physics

Рік:

2003

Мова:

english

Файл:

PDF, 581 KB

english, 2003

Optimization of the Additive CHARMM All-Atom Protein Force Field Targeting Improved Sampling of the Backbone ϕ, ψ and Side-Chain χ 1 and χ 2 Dihedral Angles

Best, Robert B., Zhu, Xiao, Shim, Jihyun, Lopes, Pedro E. M., Mittal, Jeetain, Feig, Michael, MacKerell, Alexander D.

Журнал:

Bedrov, Dmitry, Piquemal, Jean-Philip, Borodin, Oleg, MacKerell, Alexander D., Roux, Benoît, Schröder, Christian

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.94 MB

english, 2012

Molecular Dynamics Simulations of Ionic Liquids and Electrolytes Using Polarizable Force Fields

Журнал:

Chemical Reviews

Рік:

2019

Мова:

english

Файл:

PDF, 10.31 MB

english, 2019

A molecular mechanics force field for NAD+ NADH, and the pyrophosphate groups of nucleotides

Pavelites, Joseph J., Gao, Jiali, Bash, Paul A., Mackerell, Alexander D.

Журнал:

Foloppe, Nicolas, MacKerell, Jr., Alexander D.

Рік:

1997

Мова:

english

Файл:

PDF, 453 KB

english, 1997

All-atom empirical force field for nucleic acids: I. Parameter optimization based on small molecule and condensed phase macromolecular target data

Журнал:

Weibin Chen, Huifang Wu, Denzil Bernard, Matthew D. Metcalf, Jeffrey R. Deschamps, Judith L. Flippen-Anderson, Alexander D. Jr. MacKerell, Andrew Coop

Рік:

2000

Мова:

english

Файл:

PDF, 337 KB

english, 2000

Rearrangement of 5-Trimethylsilylthebaine on Treatment with L-Selectride: An Efficient Synthesis of (+)-Bractazonine.

Журнал:

Christopher W. Cunningham, Kellie Hom, Chayan Acharya, Angela Wilks, Alexander D. MacKerell Jr., Andrew Coop

Рік:

2003

Файл:

PDF, 111 KB

2003

Synthesis and Characterization of a Novel Diels–Alder Adduct of Codeine

Журнал:

Helvetica Chimica Acta

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 181 KB

english, 2010

Combined ab initio/empirical approach for optimization of Lennard-Jones parameters for polar-neutral compounds

I Jen Chen, Daxu Yin, Alexander D. MacKerell Jr.

Журнал:

Alexander D. Mackerell Jr., Michael Feig, Charles L. Brooks III

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 231 KB

english, 2002

Extending the treatment of backbone energetics in protein force fields: Limitations of gas-phase quantum mechanics in reproducing protein conformational distributions in molecular dynamics simulations

Журнал:

Sandeep Patel, Alexander D. Mackerell Jr., Charles L. Brooks III

Рік:

2004

Мова:

english

Файл:

PDF, 462 KB

english, 2004

CHARMM fluctuating charge force field for proteins: II Protein/solvent properties from molecular dynamics simulations using a nonadditive electrostatic model

Журнал:

Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

Рік:

2004

Мова:

english

Файл:

PDF, 416 KB

english, 2004

Characterization of ATP-independent ERK inhibitors identified through in silico analysis of the active ERK2 structure

Fengming Chen, Chad N. Hancock, Alba T. Macias, Joseph Joh, Kimberly Still, Shijun Zhong, Alexander D. MacKerell Jr., Paul Shapiro

Журнал:

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 574 KB

english, 2006

Characterization of ERK Docking Domain Inhibitors that Induce Apoptosis by Targeting Rsk-1 and Caspase-9

Sarice R Boston, Rahul Deshmukh, Scott Strome, U Deva Priyakumar, Alexander D MacKerell, Paul Shapiro

Журнал:

BMC Cancer

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.68 MB

english, 2011

Identification of Novel Extracellular Signal-Regulated Kinase Docking Domain Inhibitors

Hancock, Chad N., Macias, Alba, Lee, Eun Kyoung, Yu, Su Yeon, MacKerell,, Alexander D., Shapiro, Paul

Журнал:

Journal of Medicinal Chemistry

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 468 KB

english, 2005

Recent developments and applications of the CHARMM force fields

Xiao Zhu, Pedro E. M. Lopes, Alexander D. MacKerell Jr

Журнал:

Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 534 KB

english, 2012

Intrinsic Contribution of the 2′-Hydroxyl to RNA Conformational Heterogeneity

Denning, Elizabeth J., MacKerell, Alexander D.

Журнал:

Journal of the American Chemical Society

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.88 MB

english, 2012

Identification and Validation of Human DNA Ligase Inhibitors Using Computer-Aided Drug Design

Zhong, Shijun, Chen, Xi, Zhu, Xiao, Dziegielewska, Barbara, Bachman, Kurtis E., Ellenberger, Tom, Ballin, Jeff D., Wilson, Gerald M., Tomkinson, Alan E., MacKerell, Alexander D.

Журнал:

Journal of Medicinal Chemistry

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.35 MB

english, 2008

Computational ligand-based rational design: role of conformational sampling and force fields in model development

Shim, Jihyun, MacKerell, Jr., Alexander D.

Журнал:

MedChemComm

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 388 KB

english, 2011

Polyunsaturated Fatty Acids in Lipid Bilayers: Intrinsic and Environmental Contributions to Their Unique Physical Properties

Feller, Scott E., Gawrisch, Klaus, MacKerell, Alexander D.

Журнал:

Journal of the American Chemical Society

Рік:

2002

Мова:

english

Файл:

PDF, 157 KB

english, 2002

Simulating Monovalent and Divalent Ions in Aqueous Solution Using a Drude Polarizable Force Field

Yu, Haibo, Whitfield, Troy W., Harder, Edward, Lamoureux, Guillaume, Vorobyov, Igor, Anisimov, Victor M., MacKerell, Alexander D., Roux, Benoît

Журнал:

Kumar, Prashant, Bojarowski, Sławomir A., Jarzembska, Katarzyna N., Domagała, Sławomir, Vanommeslaeghe, Kenno, MacKerell, Alexander D., Dominiak, Paulina M.

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.07 MB

english, 2010

A Comparative Study of Transferable Aspherical Pseudoatom Databank and Classical Force Fields for Predicting Electrostatic Interactions in Molecular Dimers

Журнал:

Xie, Wangshen, Pu, Jingzhi, MacKerell,, Alexander D., Gao, Jiali

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.11 MB

english, 2014

Development of a Polarizable Intermolecular Potential Function (PIPF) for Liquid Amides and Alkanes

Журнал:

Vorobyov, Igor, Anisimov, Victor M., Greene, Shannon, Venable, Richard M., Moser, Adam, Pastor, Richard W., MacKerell, Alexander D.

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 290 KB

english, 2007

Additive and Classical Drude Polarizable Force Fields for Linear and Cyclic Ethers

Журнал:

Banavali, Nilesh K., Huang, Niu, MacKerell, Alexander D.

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 175 KB

english, 2007

Conserved Patterns in Backbone Torsional Changes Allow for Single Base Flipping from Duplex DNA with Minimal Distortion of the Double Helix

Журнал:

Journal of Physical Chemistry B

Рік:

2006

Мова:

english

Файл:

PDF, 318 KB

english, 2006

Small-molecule inhibitors of ERK-mediated immediate early gene expression and proliferation of melanoma cells expressing mutated BRaf

Samadani, Ramin, Zhang, Jun, Brophy, Amanda, Oashi, Taiji, Priyakumar, U. Deva, Raman, E. Prabhu, St John, Franz J., Jung, Kwan‑Young, Fletcher, Steven, Pozharski, Edwin, MacKerell, Alexander D., Shap

Журнал:

Biochemical Journal

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.33 MB

english, 2015

Communication over the Network of Binary Switches Regulates the Activation of A2A Adenosine Receptor

Lee, Yoonji, Choi, Sun, Hyeon, Changbong, MacKerell, Alexander

Журнал:

Lemkul, Justin A., Huang, Jing, Roux, Benoît, MacKerell, Alexander D.

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 14.49 MB

english, 2015

An Empirical Polarizable Force Field Based on the Classical Drude Oscillator Model: Development History and Recent Applications

Журнал:

Chemical Reviews

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 4.80 MB

english, 2016

Improved Lennard-Jones Parameters for Accurate Molecular Dynamics Simulations

Boulanger, Eliot, Huang, Lei, MacKerell, Alexander D., Roux, Benoit

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 40 KB

english, 2016

Drude polarizable force field for aliphatic ketones and aldehydes, and their associated acyclic carbohydrates

Small, Meagan C., Aytenfisu, Asaminew H., Lin, Fang-Yu, He, Xibing, MacKerell, Alexander D.

Журнал:

Journal of Computer-Aided Molecular Design

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.38 MB

english, 2017

The BioFragment Database (BFDb): An open-data platform for computational chemistry analysis of noncovalent interactions

Burns, Lori A., Faver, John C., Zheng, Zheng, Marshall, Michael S., Smith, Daniel G. A., Vanommeslaeghe, Kenno, MacKerell, Alexander D., Merz, Kenneth M., Sherrill, C. David

Журнал:

The Journal of Chemical Physics

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 11.09 MB

english, 2017

Force field development and simulations of intrinsically disordered proteins

Huang, Jing, MacKerell, Alexander D

Журнал:

Current Opinion in Structural Biology

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 726 KB

english, 2018

Proper balance of solvent-solute and solute-solute interactions in the treatment of the diffusion of glucose using the Drude polarizable force field

Yang, Mingjun, Aytenfisu, Asaminew H., MacKerell, Alexander D.

Журнал:

Carbohydrate Research

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.63 MB

english, 2018

Molecular dynamics simulations using the drude polarizable force field on GPUs with OpenMM: Implementation, validation, and benchmarks

Huang, Jing, Lemkul, Justin A., Eastman, Peter K., MacKerell, Alexander D.

Журнал:

Lindahl, Viveca, Villa, Alessandra, Hess, Berk, MacKerell, Alexander

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 553 KB

english, 2018

Sequence dependency of canonical base pair opening in the DNA double helix

Журнал:

Adhikari, Shishir, Moran, Jacob, Weddle, Christopher, Hinczewski, Michael, MacKerell, Alexander

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 6.74 MB

english, 2017

Unraveling the mechanism of the cadherin-catenin-actin catch bond

Журнал:

Flood, Emelie, Boiteux, Céline, Allen, Toby W., MacKerell, Alexander

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 4.09 MB

english, 2018

Selective ion permeation involves complexation with carboxylates and lysine in a model human sodium channel

Журнал:

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 22.49 MB

english, 2018

Kinetic and thermodynamic insights into sodium ion translocation through the μ-opioid receptor from molecular dynamics and machine learning analysis

Hu, Xiaohu, Wang, Yibo, Hunkele, Amanda, Provasi, Davide, Pasternak, Gavril W., Filizola, Marta, MacKerell, Alexander

Журнал:

Kognole, Abhishek A., MacKerell, Alexander D.

Рік:

2019

Файл:

PDF, 5.09 MB

2019

The Role of Mg+2 Ion Interactions in Folding of the Twister Ribozyme and PreQ1 Riboswitch Revealed through Umbrella Sampling Combined with Oscillating Chemical Potential Grand Canonical Monte Carlo/Molecular Dynamics Simulations

Журнал:

Biophysical Journal

Рік:

2019

Мова:

english

Файл:

PDF, 51 KB

english, 2019

Optimization and Evaluation of the Site-Identification by Ligand Competitive Saturation (SILCS) as a Tool for Target-Based Ligand Optimization

Ustach, Vincent D., Lakkaraju, Sirish Kaushik Kaushik, Jo, Sunhwan, Yu, Wenbo, Jiang, Wenjuan, MacKerell, Alexander D.

Журнал:

Journal of Chemical Information and Modeling

Рік:

2019

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.20 MB

english, 2019

Combinedab initio/empirical approach for optimization of Lennard-Jones parameters

Yin, Daxu, MacKerell, Alexander D.

Журнал:

Nicolas Foloppe, Lennart Nilsson, Alexander D. MacKerell Jr.

Рік:

1998

Мова:

english

Файл:

PDF, 213 KB

english, 1998

Ab initio conformational analysis of nucleic acid components: Intrinsic energetic contributions to nucleic acid structure and dynamics

Журнал:

Biopolymers

Рік:

2001

Мова:

english

Файл:

PDF, 195 KB

english, 2001

DNA bending induced by carbocyclic sugar analogs constrained to the north conformation

Alba T. Macias, Nilesh K. Banavali, Alexander D. MacKerell Jr.

Журнал:

Biopolymers

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 701 KB

english, 2007

ChemInform Abstract: Reevaluation of Stereoelectronic Contributions to the Conformational Properties of the Phosphodiester and N3′-Phosphoramidate Moieties of Nucleic Acids.

Nilesh K. Banavali, Alexander D. MacKerell Jr.

Журнал:

Victor E. Marquez, Peiyuan Wang, Marc C. Nicklaus, Martin Maier, Muthiah Manoharan, Judith K. Christman, Nilesh K. Banavali, Alexander D. Mackerell Jr.

Рік:

2001

Файл:

PDF, 24 KB

2001

ChemInform Abstract: Inhibition of (Cytosine C5)-Methyltransferase by Oligonucleotides Containing Flexible (Cyclopentane) and Conformationally Constrained (Bicyclo[3.1.0]hexane) Abasic Sites

Журнал:

Jeremy L. Yap, Shilpa Worlikar, Alexander D. MacKerell, Paul Jr. Shapiro, Steven Fletcher

Рік:

2001

Файл:

PDF, 28 KB

2001

ChemInform Abstract: Small-Molecule Inhibitors of the ERK Signaling Pathway: Towards Novel Anticancer Therapeutics

Журнал:

Jeremy L. Yap, Dr. Shilpa Worlikar, Prof. Dr. Alexander D. MacKerell Jr., Prof. Dr. Paul Shapiro, Prof. Dr. Steven Fletcher

Рік:

2011

Файл:

PDF, 18 KB

2011

Small-Molecule Inhibitors of the ERK Signaling Pathway: Towards Novel Anticancer Therapeutics

Журнал:

ChemMedChem

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 633 KB

english, 2011

Empirical force fields for biological macromolecules: Overview and issues

Alexander D. Mackerell Jr.

Журнал: